La Doctrina Secreta es el libro más importante de Blavatsky y es una síntesis del pensamiento científico, filosófico y religioso. Esta basada en un pergamino antiguo "el Libro de Dzyan", al que habría tenido acceso y estudiado, siendo éste una especie de tratado de budismo esotérico. También utiliza como referencia los textos sagrados hindúes (Vedas, Brahmana, Upanishads y Puranas); los arios (Vendidad), la Cábala caldea y la judía y la antigua mitología.
Es una síntesis del pensamiento científico, metafísico y religioso, que incluye un conocimiento secreto y esotérico de los misterios de la religión, y estudia las civilizaciones antiguas, como la India, el Tíbet y China.
Para Blavatsky, hay una religión original auténtica, que es la raíz de todas las religiones y de todos los mitos de la humanidad y todas las religiones incluyen reflejos de esta auténtica religión original de la humanidad.