Juan Fernández Sierra realizó estudios de Maestro de Primera Enseñanza en la Escuela de Magisterio de Almería y comenzó a ejercer como tal en 1970 en Barcelona. Se especializó en Matemáticas, se licenció en Pedagogía y se doctoró en Ciencias de la Educación por la Universidad de Málaga, en la que trabajó como profesor asociado y como titular desde 1989 hasta 1995, cuando se traslada a la recién creada Universidad de Almería. En ésta accede a la Cátedra de Didáctica y Organización Escolar y desempeña la Dirección de la Unidad de Evaluacíon, del Departamento DOE y el Decanato de la Facultad de Ciencias de la Educación.
La evaluación, la innovación y, en general, las políticas y las prácticas educativas mediatizadoras de la inclusión educativa y la cohesión social marcan sus líneas de actuación. En este sentido dirige el Grupo de Investigación †Asesoramiento, perfeccionamiento y Calidad Educativa†y el programa de Doctorado en Innovación Educativa; c