Corazón de ámbar cuenta los problemas de salud que presenta Iker, un muchacho sevillano que sufre síndrome de Asperger, desde su concepción, parto y primeros meses de vida, así como los problemas de socialización durante la infancia, pubertad y juventud. Iker tiene un coeficiente intelectual muy elevado y se interesa por la física moderna. Internet le proporciona un saber extraordinario en esas materias e inventa personajes históricos imaginarios que le van acompañando en su vida. En los últimos capítulos se desarrolla una trama con personajes de la mafia calabresa que dan un vuelco a las vidas de los protagonistas. Con su padre postrado en la cama, Iker decide abandonar el doble grado de Física y Matemáticas que había iniciado unos meses antes y comenzar los estudios de Medicina, especializándose en Neurología e ingresando después en un famoso instituto alemán de investigación neurológica, donde dirigirá un proyecto de investigación que le llevará a producir una enzima sintética funcional, a partir de un material genético artificial.