Ambientada en el atormentado período de las persecuciones de los cristianos, la novela recorre el devenir de algunos misioneros (entre los que destaca la figura del padre Rodrigues) que, a pesar de la prohibición de entrar en el país, deciden ir a buscar a su venerado maestro el padre Ferreira, de quien habían llegado voces a Europa de que había abjurado bajo tortura. Los misioneros, arribados clandestinamente a Japón, se encuentran conviviendo de inmediato con el miedo a ser descubiertos y, al mismo tiempo, se vuelven testigos de las tremendas pruebas a las que se ven sometidos los fieles a causa de su adhesión a la fe cristiana.
Aquí es donde surge el primer y gran interrogante de la novela: el del silencio de Dios ante el sufrimiento del creyente. Si Dios existe, ¿por qué este enigmático silencio suyo, por qué esta misteriosa indiferencia por su parte, este quedarse con los brazos cruzados sin hacer nada para ayudar a los que creen en él?
A este primer tema le sigue inmediatamente otro, igualmente crucial y decisivo: la teología occidental, con la que habían sido formados los misioneros llegados a Japón, se demuestra insuficiente -o por lo menos inadecuada-, no solo para interpretar las persecuciones sufridas por los cristianos, sino también para acallar todas las dudas de fe que empiezan a asediar gradualmente el alma de los evangelizadores.